389 पेपर
यह शोध पत्र InPhyNet को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन विधि है जो स्वतंत्र रूप से अनुमानित उप-नेटवर्कों (sub-networks) को मिलाकर बड़े डेटासेट के लिए फाइलोजेनेटिक नेटवर्क का अनुमान लगाने में रैखिक स्केलेबिलिटी और उच्च सटीकता प्राप्त करती है, जिससे मौजूदा मॉडल-आधारित दृष्टिकोणों की कम्प्यूटेशनल सीमाओं को पार करते हुए जटिल विकासवादी इतिहासों में जैविक रूप से सार्थक अंतर्दृष्टि प्रदान की जा सकती है।
यह शोध पत्र SNaQ.jl प्रस्तुत करता है, जो एक नया जूलिया (Julia) पैकेज है जो समानांतरकरण (parallelization), भारित यादृच्छिक क्वाड्रेट चयन (weighted random quartet selection) और संभाव्यता आधारित निर्णय लेने के माध्यम से फाइलोगेनेटिक नेटवर्क अनुमान की स्केलेबिलिटी और कम्प्यूटेशनल दक्षता को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाता है, जिससे सटीकता से समझौता किए बिना रनटाइम में 499% तक की कमी आती है।
यह अध्ययन बेडबग *Cimex lectularius* के शुक्राणु और वीर्य द्रव का पहला उच्च-थ्रूपुट प्रोटिओमिक लक्षण वर्णन प्रस्तुत करता है, जो उन्नत आणविक विकास दर और स्पर्म-ल्यूसिलअमीनोपेप्टिडेसेस (S-Laps) के एक प्राचीन विस्तार जैसे अद्वितीय विकासवादी पैटर्न को प्रकट करता है जो संभवतः इस प्रजाति की आघातपूर्ण मैथुन (ट्रॉमेटिक इनसेमिनेशन) रणनीति के अनुकूल हैं।
यह अध्ययन 132 वृद्ध अमेरू पुरुषों के mtDNA विश्लेषण का उपयोग करके एक विषम मातृ आनुवंशिक परिदृश्य को प्रकट करता है जो विविध अफ्रीकी मूलों (मुख्य रूप से L0–L4 हैलोग्रुप्स) और विशिष्ट उपसमूह इतिहासों द्वारा अभिलक्षित है, जहाँ इमेंटी और टिगानिया जैसे समुदाय अन्य अमेरू उपसमूहों में प्रचलित पश्चिम और मध्य अफ्रीकी वंशावली की तुलना में संभावित यूरेशियाई और अफ़्रो-एशियाटिक संबंधों वाले अद्वितीय वंश प्रदर्शित करते हैं।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि तापीय रूप से अनुकूलित आइसलैंडिक स्टिकलबैक आबादी के बीच संकरण, विशेष रूप से गर्म परिस्थितियों में, ट्रांसग्रेसिव एक्सप्रेशन (transgressive expression) के माध्यम से मेटाबॉलिक और माइटोकॉन्ड्रियल जीन नेटवर्क को बाधित करता है, जो यह रेखांकित करता है कि कैसे जलवायु-प्रेरित मिश्रण उच्च फेनोटाइपिक प्लास्टिसिटी के बावजूद प्रतिकूल परिणाम उत्पन्न कर सकता है।
यह शोध पत्र SNaQ पद्धति का एक स्केलेबल विस्तार प्रस्तुत करता है जो स्तर-1 से परे किसी भी बाइनरी अर्ध-निर्देशित (semi-directed) फाइलोगेनेटिक नेटवर्क के तेज़, कंपोजिट-लाइकलीहुड अनुमान को सक्षम बनाता है, जो जीनोमिक डेटा से संकरण (hybridization) और अंतर्वेशन (introgression) जैसे जटिल रेटिकुलेट विकासवादी इतिहासों को पुनर्गठित करने की क्षमता में महत्वपूर्ण सुधार करता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि अमेरिका में विशिष्ट मेजबान और स्थानिक गतिशीलता द्वारा संचालित, उच्च-और-निम्न रोगजनक इन्फ्लुएंजा A/H5N1 वायरसों के बीच बार-बार होने वाला मौसमी पुनर्संयोजन (रीअसॉर्टमेंट) एक पूर्वानुमानित पारिस्थितिक प्रक्रिया है जो महत्वपूर्ण महामारी जोखिम वाले नवीन जीनोटाइप उत्पन्न करती है।
तुलनात्मक जीनोमिक्स और बड़े पैमाने पर प्रोटिओमिक्स के माध्यम से अंतिम यूकैरियोटिक सामान्य पूर्वज (LECA) के प्रोटीन इंटरएक्टोम के पुनर्निर्माण द्वारा, यह अध्ययन प्राचीन आणविक परिसरों को प्रकट करता है जो आधुनिक आनुवंशिक रोगों के जैव रासायनिक उद्गमों पर प्रकाश डालते हैं, जिसमें अस्थि घनत्व और जन्मजात जन्म दोषों के लिए नए संबंध शामिल हैं।
यह शोध पत्र यह प्रस्तावित करता है और एजेंट-आधारित सिमुलेशन के माध्यम से यह प्रमाणित करता है कि लैंगिक चयन, फिशरियन सह-विकास (Fisherian co-evolution) के माध्यम से ऐतिहासिक रूप से अनुकूल गुणों को बनाए रखकर विकासवादी सूचनाओं को संरक्षित करने के एक तंत्र के रूप में कार्य करता है, जिससे वंशों को यादृच्छिक मैथुन (random mating) की तुलना में उतार-चढ़ाव वाले वातावरण के प्रति अधिक कुशलता से प्रतिक्रिया करने में सक्षम बनाया जा सके।
यह अध्ययन 13 संघों (phyla) के 61 जंतु प्रजातियों का एक व्यापक ट्रांसक्रिप्टोमिक एटलस प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि यद्यपि जाइगोटिक जीनोम एक्टिवेशन (ZGA) का समय व्यापक रूप से भिन्न होता है, यह सार्वभौमिक रूप से नाभिकीय-से-कोशिकाद्रव्य अनुपात (nuclear-to-cytoplasmic ratio) द्वारा अनुमानित होता है और इसमें एक लचीला किंतु गहराई से संरक्षित आणविक कार्यक्रम शामिल है, जो आरएनए प्रोसेसिंग (RNA processing) में समृद्ध, फाइलोगेनेटिक रूप से नए और छोटे जीन द्वारा अभिलक्षित है।